Diverse olika angelägenheter verkar ha gett näring till oppositionen mot Scientology, inklusive de som vanligtvis dyker upp i relation till nya religioner i allmänhet.
För det första, Scientology kan väcka misstanke för att den påstår sig kunna ge andliga insikter från tillämpning av rationella procedurer. De som är engagerade inom traditionell religion anser i allmänhet att religiösa värderingar går helt och hållet bortom gränserna för det rationella, och de kan bli förnärmade av idén om att religiösa sanningar eller andliga vinster kan förverkligas genom tekniska metoder – andra metoder än deras egna helgade föreställningar om dyrkan och moral. Rationella procedurer och systematisk inlärning är karakteristiska för vetenskap, teknologi och ekonomi snarare än för sökandet efter uråldrig religiös sanning eller andlig upplevelse. Eftersom Scientology förenar andliga mål och rationella, tekniska (och faktiskt teknologiska) metoder, så tenderar de som är engagerade inom etablerad religion att fördöma den för att inte vara en ”riktig” religion. De betraktar den som falsk eftersom den utnyttjar modern kunskap snarare än gamla formler, minimerar eller frångår sådana vanliga religiösa begrepp som sakrament och ritual och har en pragmatisk inriktning i strävan efter religiösa mål. Att Scientologys anhängare måste betala kostnaden för handledning ser de som alltför kommersiellt och affärsmässigt, en alltför direkt betalning för tjänster för att passa en religion, men de ignorerar den omfattning av religiösa gåvor och donationer som är nödvändig för alla religiösa organisationer. Sålunda presenteras Scientologys ekonomiska arrangemang såsom exploaterande och därför diskvalificeras rörelsen som en religion. Men de som framför sådana anmärkningar vill inte kännas vid att det ofrånkomligt inom etablerade kyrkor ställs absolut nödvändiga ekonomiska krav på anhängare, som vid betalning för en mässa inom den katolska kyrkan, vid utfästelser om regelbundna bidrag i vissa protestantiska samfund, eller de tionden som tidigare utkrävdes av större kyrkor och som fortfarande krävs inom många kristna sekter. Dessa finansiella uppbörder verkar vara av en annan typ bara för att betalningsmetoderna är helgade genom en ofta gammal sedvänja eller sanktionerade av Bibeln. Kritiker av Scientology-kyrkans ekonomiska arrangemang ignorerar den grundläggande funktionella likheten med de ekonomiska metoderna hos traditionella religioner bara för att formen skiljer sig och för att de vanligtvis är höljda i ålderdomlighet och fromhet.
För det andra lovar Scientology terapeutisk behållning genom att frigöra individer från effekten av tidigare traumatiska upplevelser. Konventionella utövare av psykiatrisk medicin kan tycka att detta löfte är en utmaning för både de teoretiska antagandena för deras utövning och framför allt för de tekniker de använder. Sålunda är det två professionella grupper, präster och psykiatriker, som kan sägas ha ekonomiska intressen i dessa frågor, och är benägna att ge näring till opposition mot Scientology, och båda har en bred krets med professionella kollegor (till exempel lärare och läkare) och en ännu bredare publik med lekmän som de kan påverka.
För det tredje så bestämmer sig några av de som börjar med Scientology för att genomgå ytterligare utbildning för att bli kvalificerade Scientology-auditörer, och överger mer konventionella karriärmöjligheter. Föräldrar, släktingar och vänner, som inte är insatta i Scientology, kan betrakta ett sådant beslut med bestörtning. Om ett sådant religiöst val innebär att man fjärmar sig från familj och vänner, vilket ibland har varit fallet, ger detta ytterligare ammunition till dessa som motsätter sig denna nya religion – den blir i deras ögon ”en kult som splittrar familjer”.
Scientology-kyrkan menar däremot att andliga vinster kan förverkligas i det nuvarande livet. Den hävdar att alla individer till sin natur är goda, och lär ut att var och en bör ta ansvar för sitt eget liv och sina egna aktiviteter.
För det fjärde kan en mer generell och diffus aspekt av Scientologys kulturella etik ge näring till ytterligare opposition. Traditionell kristendom har ärvt en i huvudsak asketisk inställning till världen och har, långt utanför kyrkorna eller deras församlingar, bearbetat antaganden om den grundläggande karaktären för sann religion, nämligen att religion borde vara allvarlig, främja en asketisk etik och vara inställd på att offra denna världens bekvämligheter i syfte att förbereda för belöning i ett liv efter detta. Kristendomen har varit upptagen med att uppfylla mänskligheten med en känsla av medfödd synd och en oförmåga att genom egna ansträngningar uppnå frälsning. Istället har folk påbjudits att enbart vara beroende av en frälsar-gud. Scientology-kyrkan menar däremot att andliga vinster kan förverkligas i det nuvarande livet. Den hävdar att alla individer till sin natur är goda, och lär ut att var och en bör ta ansvar för sitt eget liv och sina egna aktiviteter. En religion som förkastar mänsklighetens medfödda synd är bara det en skymf för kyrkor, men denna utmaning blir inte mindre av det faktum att den etik som Scientology omfattar har mycket mer samhörighetskänsla med den rådande livssynen i den sekulära västvärlden under senare delen av 1900-talet, en livssyn med tillåtande hedonism, betoning av människans lycka och uppmuntran för människor att förverkliga sin fulla potential. Även många icke-religiösa människor, som accepterar en sekulär hedonistisk inställning till världen, är ovilliga att erkänna som religion en doktrin som överger det högtidliga fördömandet av hela mänskligheten som syndare, och även om de inte medvetet accepterar den traditionella kristna positionen, så motsätter de sig inte desto mindre en religion som i dessa grundläggande frågor skiljer sig från kristendomen. Således, eftersom några ännu inte är redo att avstå från den traditionella livssynen, och eftersom andra anser att detta är religionens uppgift, även om de inte själva stödjer denna etik, så har helt skilda delar av allmänheten dragit sig samman i opposition mot den nya religionen Scientology.
