När avvikande former av den kristna tron, efter reformationen, fick en massa varaktiga anhängare och framträdde som nya religiösa rörelser, stötte de nästan alltid på extrem intolerans. Hutteriterna, som ursprungligen kom från Tyrolen, blev ofta nedstuckna och tvingades att i etapper fly från en bosättning till en annan över Centraleuropa. Kväkarna i England fick utstå ständiga trakasserier i slutet av 1600-talet, och många av dem fängslades för sin tro. På 1700-talet blev de tidiga metodisterna ofta förföljda och några av deras kapell brändes. Det var inte ovanligt att lokala polismän och domare deltog i sådan förföljelse, uppmuntrade ofredanden, och betraktade dessa laglydiga religiösa människor som skyldiga snarare än som offer. Under det sena 1800-talet i England drabbades tidiga anhängare inom Frälsningsarmén av liknande fientlighet. På bara ett år blev över 600 av deras ”soldater” misshandlade av ”råskinn”, som Frälsningsarmén ansåg uppmuntrades av den inflytelserika bryggerinäringen. Å andra sidan fängslades under bara några år ett motsvarande antal av Frälsningsarméns personal på sådana tvivelaktiga och kanske falska anklagelser som att blockera landsvägen. På 1890-talet i Schweiz åtalades de för bedrägeri och ekonomiskt utnyttjande, vilket liknade de anklagelser som hade gjorts mot mormonkyrkans missionärer i Skandinavien tidigare under det århundradet.
Under det tidiga 1900-talet uttrycktes opposition i olika former mot några nya religioner: Christian Science kritiserades skarpt både för påståenden om andligt helande och förnekande av materians verklighet, men denna kritik var till stor del litterär, från Mark Twains satir till det allvarliga angreppet från den framstående historikern, H.A.L. Fisher, bland en mängd fientliga kommentarer från präster och läkare samt, i lindrigare form, nidskrifter, skämtteckningar och satiriska romaner. Opposition mot Jehovas vittnen, som fortfarande betraktades som en ny rörelse under den första delen av 1900-talet, var ofta mer fysiskt uttalad. De utsattes för pöbelvåld i USA under andra världskriget, och några av dem doppades i tjära och rullades i fjädrar. De förföljdes för att de vägrade att göra honnör för flaggan och att sjunga nationalsången, inte bara i USA utan även i andra länder, såsom Malawi, och deras vägran att göra militärtjänst gjorde att de åtalades i Frankrike, Spanien och Grekland, även under de senaste decennierna. I Quebec förföljdes denna allmänt laglydiga sekt obevekligen av polisen under 1940- och 50-talet på grund av varierande, påstådda överträdelser av lagen. Exemplen skulle kunna göras många – de tjänar till att illustrera den fortsatta förekomsten av religiös intolerans och den återkommande oppositionen mot nya religiösa organisationer och nya tankar om religiös utövning.
Vad alla dessa händelser har gemensamt är att dessa trakasserade sekter på sin tid var relativt nya, små religiösa rörelser. De blev föremål för misstro och betraktades som representanter för social splittring, eftersom de behagade reservera sig mot en eller annan form av etablerad religion, eller valde att hysa sina egna uppfattningar om gudomlighet, frälsning och dyrkan, eller för att de ifrågasatte normerna för det samtida sekulära samhället.
