Scientology-kyrkan är en religiös grupp med en betydande hierarkisk organisation och ledning. Den lägsta nivån i hierarkin består av fältauditörerna och de Dianetics-grupper som de leder. Nästa nivå består av Scientology-missioner, som levererar grundläggande Dianetics- och Scientology-tjänster. Dessa är en slags missionsstation, som syftar till att få nya medlemmar. När en missionsstation växer, och dess verksamhet utvidgas, blir den vanligtvis en Scientology-kyrka. Scientology-kyrkans pastorer tjänar församlingsmedlemmarna vid problem i äktenskapet, familjen och vid andra problem och utför Scientologys religiösa ritualer, såsom namngivnings-, bröllops- och begravningsritualer. Dessutom förrättar de söndagssamlingar.
Saint Hill-organisationer är centrala kyrkor, med högre nivåer av auditörsutbildning som specialitet. Sådana centrala kyrkor finns i Los Angeles, Sydney, East Grinstead i England och Köpenhamn. Flag Service Organization i staden Clearwater i delstaten Florida i USA är det andliga huvudsätet för alla världens scientologer och levererar de högsta religiösa tjänsterna. Flag Ship Service Organization levererar den högsta auditeringen av alla (OT VIII). Dess utbildning äger rum på fartyget Freewinds i Karibiska havet.
Moderkyrkans funktion leds av Church of Scientology International i Los Angeles, vilken planerar världsomspännande missionskampanjer, sammanställer utbildningsmaterial och översätter L. Ron Hubbards religiösa verk till många språk.
